水质检测中有一个特殊问题，那就是收集大量样品相关的复杂性，对于大多数分析人员来说，这种复杂性是无法避免的，而且对于各种因素也无法精确控制，因此采用常规的方法来分析水质有一定的局限性。尤其是需要长期来分析或监控某个区域的水质情况时，目前应对这种问题的最好方式是采用在线式的水质监测系统，虽然在安装和调试方面它的程序要复杂的多，但相对应的它也有很多优势。
1.拥有良好的计算性能，协调并执行已建立的水质分析方案，取而代以往的手动检测过程。
2.对所有监测计划可以进行合并，从而避免重复分析，节省资源和检测时间， 而且可以保证每个人都能够有效的监督和分析。
3.在线获取有关注册水质监测的信息程序是可能的。 所提供的信息包括： 确定水质监测的数量，类型和性质 由该部门执行或为该部门执行的方案。确定监测计划时间表; 该计划的所有者是谁，谁负责接受该计划样本， 监测点位于哪里， 每个监测点的水质是否出现变化， 监控程序需要多长时间才能运行 样本必须送至哪个实验室进行分析。 每个样品的具体分析时间表。
4.样品和结果自动登记。 所有的分析都受到了 标准的质量控制程序，然后存储在一个集成的数据库 从中可以访问相关的资源质量数据。
5.可以增加审计监督和分析的有效性，一旦发现问题能够及时采取纠正措施。
6.监测管理信息可以连接到水网，并且 在空间上与相关的流域特征和资源相关联 质量目标。
7.可以对分析结果用于评估和解释。 标准报告和统计工具可用于协助解释。
8.能够对所有水质情况建立一个综合的数据库方便查询。
对于一些大型的企业或者是相关部门，采用在线的监控方式要方便很多，但在维护方面要多加注意，因为在线监测设备的安装环境相对来说比较复杂，所以分析人员要定期对各个点进行检查维护。
